Los axolotes son animales generalmente saludables. Su sistema inmunológico a sido estudiado científicamente y se han encontrado diferencias muy significativas a las de los mamífero. Por ejemplo un transplante de un miembro (patas, etc) de un axolote a otro es aceptado normalmente y dicho miembro se vuelve completamente funcional. En el mamífero sin embargo tarde o temprano el rechazo ocurre porque el cuerpo no reconoce el transplante como un cuerpo compatible.

Si un axolote vive en las condiciones de agua y alojamiento que describimos en otras secciones y son por lo tanto las mas optimas es casi imposible que se enferme, pero a veces ocurre.

La tensión (el estrés), las temperaturas extremas, la incorporación del agua sin tratar, las bacterias y los parásitos son los problemas mas comunes, pero sin lugar a dudas la calidad del agua es lo mas importante para asegurarle al animal una buena salud (ver sección tipo de agua). Un buen sistema de filtrado del agua nos ayudara a evitar la acumulación de amoniaco (desprendido de los desechos que se acumulan en el acuario) químico que en grandes cantidades puede llegar a ser fatal para el axolote.

Los remedios para peces pueden llegara a ser muy tóxicos para los axolotes, por lo que se recomienda siempre antes de usarlos consultar con un experto. Los anfibios absorben los químicos muy fácilmente a través de su piel por lo que es muy probable provocarle un envenenamiento al animal.

Prácticamente cualquiera sea la enfermedad que contraiga el axolote lo primero que hará será dejar de alimentarse. Por esto deberemos cambiarle la dieta y si sigue sin ingerir los alimentos entonces esta señal inequívoca nos indica su deficiente salud. Siempre el primer paso que debemos dar es controlar que los parámetros del agua ( ph, temperatura, dh) y normalizarlos en caso de que no sean los adecuados.

Otro problema que puede existir son las malformaciones genéticas, como por ejemplo en las branquias, que pueden llegar a ser muy pequeñas y por lo tanto no cumplen eficientemente su función de captadoras de oxigeno. Pero contra este tipo de complicaciones no hay nada que se pueda hacer.

Si el cuerpo del axolote aparece cubierto con una sustancia gelatinosa, probablemente sean hongos. Por lo que se debe actuar colocándole al agua algún funguicida. Hay que ser cuidadoso en el caso de utilizar el popular azul de metileno ya que puede ser toxico, solo debe usarse en las mínimas dosis posibles.

Por ultimo, pero no menos importante, el tema del estrés, que suele ser muy frecuente.  Para que el axolote no lo padezca hay que tomar ciertos recaudos muy simples como: no tener muchos ejemplares en un acuario, para que no sufran de hacinamiento; lograr que el animal se sienta seguro, proporcionándole en el acuario pequeñas cuevas o troncos donde pueda esconderse en caso que se sienta amenazado; no alumbrarlos con una luz directa, no golpear los vidrios del acuario, etc. Con estos simples recaudos evitaremos que nuestro querido axolote sufra estrés y por lo tanto otras enfermedades provocadas por el mismo.